揭示深海热液古菌细菌共同祖先的代谢特征 来源：上海交大 2023-01-10 11:52 近日，上海交通大学生命科学技术学院/微生物代谢国家重点实验室肖湘团队与自然科学研究院洪亮团队合作，以分离培养的具有古老的演化地位和独特代谢共性的深海热液超嗜热古菌和嗜热细菌为切入点 近日，上海交通大学生命科学技术学院/微生物代谢国家重点实验室肖湘团队与自然科学研究院洪亮团队合作，以分离培养的具有古老的演化地位和独特代谢共性的深海热液超嗜热古菌和嗜热细菌为切入点，借助自主改良的深度学习AlphaFold2技术和中子散射实验，首次应用高通量蛋白结构组研究早期生命代谢，揭示了深海热液古菌细菌共同祖先的代谢特征。冰敷和热敷分别适用于什么情况芪苈强心胶囊吃完难受：5、自己能解决生活问题独立面对和解决问题的能力是现代社会每一个人必须具备的生存能力，也是个人面对生活和职业所必须具有的基本能力。念慈庵川贝枇杷膏
该研究成果以“Proteome-wide 3D structure prediction provides insights into the ancestral metabolism of ancient archaea and bacteria”为题，发表在国际权威杂志《Nature Communications》上。珍菊降压片芪苈强心胶囊吃完难受：出现口腔溃疡疾病要怎么进行护理从目前看来口腔溃疡相当的多见，生活中较多的人会遇到此病，出现了这病以后以会影响到我们吃东西，而且还会出现疼痛的的感觉。
上海交通大学生命科学技术学院赵维殳助理研究员与自然科学研究院本科生钟博子韬为本文的共同第一作者，生命科学技术学院肖湘教授和自然研究院洪亮教授为本文的共同通讯作者。
以现有生命追溯、重建演化过程和早期生命形式是研究生命起源和演化的一种重要思路。通常，研究者会基于基因组比较来推测早期生命的代谢特征，但高可变的基因组往往难以清晰地揭示演化脉络和模式。本研究独辟蹊径，应用基于高通量AlphaFold2深度学习技术，预测了近万个蛋白分子的3D结构，引入蛋白结构组，对深海热液来源的具有相似代谢功能的古老的超嗜热古菌和嗜热细菌的代表菌株，通过对序列、结构、功能三方面进行比较分析，重构了古菌细菌共同祖先的代谢特征。令人惊奇的是，这些结构在古菌细菌中保守的代谢模块，与实验验证的前生命化学过程高度重合，这一发现为生命起源的研究提供了新视角和新方法。此外，通过中子散射实验对本研究中不同菌种的柔性系数做了定量表征，在不同生长温度范围的古菌和细菌中建立了宏观柔性和其耐热能力的关系。图1 本研究工作流程以及A501「芪苈强心胶囊吃完难受」和 3DAC「芪苈强心胶囊吃完难受」基本特征。建立高通量结构预测，引入蛋白结构组，比较深海热液古菌细菌在序列、结构、功能之间的异同本研究选取了超嗜热古菌Thermococcus eurythermalisA501和嗜热代表细菌Zhurongbacter thermophilus3DAC比较两者序列、结构、功能之间的异同。这两株菌均来自深海热液口，而深海热液区被认为是生命的摇篮之一。综合考虑两株菌株中功能相似蛋白质对的序列和蛋白结构异同，可以将蛋白质对划分到3个不同的组：(i) 具有相似结构和相似功能的直系同源序列；(ii) 具有相似结构和功能的非直系同源序列； (iii) 结构不同但功能相似的非直系同源序列。一些蛋白质对结构相似，但基因序列差异性很大，进一步证明了和序列相比，蛋白质结构和功能的关联度更大。通过将不同组的蛋白质对映射到代谢途径中，我们发现两株菌株中的蛋白质进化不是发生在单个蛋白质水平上，而是以代谢模块为单位发生的。譬如，两株菌株糖酵解的中半部分「芪苈强心胶囊吃完难受」涉及的蛋白质都属于(i)组，而糖酵解和脂质生物合成连接通路上的蛋白「芪苈强心胶囊吃完难受」都属于「芪苈强心胶囊吃完难受」组。以此划分的代谢模块可用于揭示蛋白质的不同来源和不同的演化历史。这在以往基于序列的分析中从未被发现。进一步对保守蛋白结构分析揭示了细菌和古菌共同祖先「芪苈强心胶囊吃完难受」的保守代谢模块。这些保守的代谢模块包括糖酵解的中半部分「芪苈强心胶囊吃完难受」、嘌呤和嘧啶的生物合成、一些必需氨基酸「芪苈强心胶囊吃完难受」的代谢、一些必需辅因子的生物合成「芪苈强心胶囊吃完难受」、青年基金「芪苈强心胶囊吃完难受」和面上项目「芪苈强心胶囊吃完难受」的支持，上海人工智能实验室、上海科委、上海教委重大项目、上海市浦江人才计划「芪苈强心胶囊吃完难受」的支持，以及上海交通大学交叉学科研究基金「芪苈强心胶囊吃完难受」和“深蓝计划”「芪苈强心胶囊吃完难受」的支持。 版权声明 本网站所有注明“来源：生物谷”或“来源：bioon”的文字、图片和音视频资料，版权均属于生物谷网站所有。非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，否则将追究法律责任。取得书面授权转载时，须注明“来源：生物谷”。其它来源的文章系转载文章，本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的，转载内容不代表本站立场。不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。揭示深海热液古菌细菌共同祖先的代谢特征。